2023年10月，中国医学科学院基础医学研究所张勇教授、北京大学生命学院李程教授和广州生物岛实验室朱大海教授团队在Cell Reports杂志上发表学术论文“CTCF coordinates cell fate specification via orchestrating regulatory hubs with pioneer transcription factors”，阐明了CTCF（CCCTC-binding factor）作为细胞识别辅助因子，通过与谱系特异性先锋转录因子（pioneer transcription factors）形成调节中枢来调节细胞谱系基因，揭示了CTCF在决定细胞命运中的特异性功能机制。 CTCF是一种普遍表达的结构蛋白，已成为细胞身份基因转录的关键调节因子，但其特殊功能背后的精确分子机制仍然不完全清楚。本研究通过对小鼠和人类的原代肝细胞、肌细胞和B细胞进行综合分析来探索CTCF的机制。研究发现CTCF与谱系特异性先驱转录因子合作，包括MyoD、FOXA 和 PU.1，在1D和3D水平上控制细胞身份。在1D水平上，先驱转录因子通过开放染色质促进谱系特异性CTCF的结合。在3D水平上，CTCF和先锋转录因子形成调控中心来控制细胞身份基因的表达。上述机制已使用MyoD缺失小鼠、CTCF敲除小鼠和生肌分化过程中的CRISPR编辑进行了验证。 文中ATAC-seq实验由上海嘉因生物协助完成。 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing） 是一种广泛用于研究基因组中开放染色质区域的高通量测序技术。其使用Tn5转座酶将染色质中的开放区域特异性地切割并标记，随后这些被标记的DNA片段会被分离，扩增和测序，从而产生一个基因组范围的染色质可访问性图谱。 优势一 自2017年开展ATAC-seq技术服务以来，协助发表近100篇ATAC-seq文章。助力发表过多篇物种内首篇ATAC-seq文章。 优势二 数据高标准交付 优势三 组织样本使用illumina原厂Tn5酶 优势四 积累5年超过5000多例项目的冷冻组织提核实践，涉及干细胞、软骨，神经元、胎盘，各种昆虫等高难度样本类型。 优势五 ATAC-seq motif分析，ATAC-seq与RNA-seq联合分析一网打尽，应有尽有。 客户文章速递：IF 4.225 l ATAC-seq&RNA-seq助力杂交雄性不育发生机制研究 客户文章速递：ATAC-seq和RNA-seq联合助力发现ARID1A-SWI /SNF复合体是致癌mTOR信号的调控靶点 客户文章速递：Nucleic Acids Research丨IF 19.16丨ATAC-seq和多组学分析助力衰老分子机制的解析 嘉因生物ATAC-seq助力国内首篇高粱表观遗传研究 ATAC-seq差异分析方法怎么选？ 嘉因客户文章 CUT&Tag专题 ATAC-seq和scATAC-seq专题 Circle-seq（环状DNA）专题 华大C4单细胞RNA-seq 华大空间转录组 表观杂谈 表观分析小技能
2026-03-09
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