营养与健康所靳文菲研究组发布单细胞多模态数据库并发现新细胞亚群

9月24日，国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所靳文菲研究组的论文“scMMO-atlas: a single cell multimodal omics atlas and portal for exploring fine cell heterogeneity and cell dynamics”。该研究构建了首个单细胞多模态数据库scMMO-atlas，提供了涵盖300多万个细胞的单细胞多模态组学数据的在线查询平台（scMMO-atlas：https://www.biosino.org/scMMO-atlas），该研究还通过scMMO-atlas数据库发现了小鼠大脑皮层中的新细胞亚群Astro-Grm3和Ex-L6-Tle4-Nrf1等。

图2.：整合单细胞多模态组学数据寻找新细胞亚群。A、整合单细胞多模态组学数据解析小鼠大脑皮层细胞亚群。B-C、Astro-Grm3特异性Wnt信号通路。D-G、解析数据发现细胞亚群EX-L6-Tle4-Nrf1。

南方科技大学与中国科学院上海营养与健康研究所的联培博士生程文文为论文第一作者，中国科学院上海营养与健康研究所靳文菲研究员为论文通讯作者。靳文菲研究组虞诗雅和尹昌辉参与了该项研究。南方科技大学生命科学学院陈曦教授和洪旎教授为论文提供了宝贵的建议。该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国科学院上海营养与健康研究所生物医学大数据中心的支持。

文章链接（点击文末“阅读原文”跳转）：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39315707

所属重点实验室：中国科学院计算生物学重点实验室

研究方向：组学，生物信息，肿瘤免疫

研究内容：
1. 开发组学技术和组学计算方法，尤其是单细胞多组学技术及其分析方法；
2. 多组学数据整合，构建全息细胞图谱解析细胞解析细胞对外界刺激的应答；
3. 利用单细胞技术解析肿瘤微环境和肿瘤微进化，发展精准免疫治疗。

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