2024年2月，上海交通大学、上海市肿瘤研究所聂惠贞团队等在Research杂志上发表学术论文“A Nutrient-Deficient Microenvironment Facilitates Ferroptosis Resistance via the FAM60A–PPAR Axis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma”，阐明对胰腺导管腺癌（pancreatic ductal adenocarcinoma ，PDAC）中FAM60A（Family With Sequence Similarity 60 Member A）转录调控模式的新理解，以及FAM60A在铁死亡缓解和化疗耐药中的双重功能。靶向FAM60A可能能为PDAC提供一种有前途的治疗方法，同时解决PDAC高KRAS突变和肿瘤微环境营养缺乏，并预防肿瘤细胞代谢适应。 铁死亡是一种非凋亡形式的细胞死亡，是包括癌症在内的各类疾病的新兴潜在治疗靶点。但是铁死亡在胰腺癌中的作用仍知之甚少。PDAC的特点是预后不良和化疗耐药，主要是由于KRAS（Kirsten rats arcomaviral oncogene homolog）基因的高突变率及高密度间质引起的严重营养缺乏。多项研究已将大鼠肉瘤 (rat sarcoma ，RAS) 突变与铁死亡联系起来，提示诱导铁死亡可能是对抗致癌 RAS 肿瘤的有效策略。 FAM60A是一种与不良预后密切相关的蛋白，在PDAC和KrasG12D/+;Trp53R172H/+; Pdx1-Cre小鼠肿瘤组织中高表达。研究探索了FAM60A在体内外调节铁死亡、肿瘤生长和吉西他滨敏感性中的作用。研究结果表明FAM60A通过调节3种重要代谢酶即ACSL1/4和GPX4，用以保护PDAC细胞免于铁死亡。此外，研究发现YY1通过促进FAM60A转录来调节FAM60A的表达。在营养缺乏的情况下，Hippo-YY1通路在低氨基酸环境中受到限制，导致下游PPAR（peroxisome proliferator-activated receptor）和ACSL1/4的抑制以及GPX4途径的激活。更重要的是，FAM60A敲低使PDAC细胞对吉西他滨治疗敏感。 文中CUT&Tag实验由上海嘉因生物协助完成。 CUT&Tag可以在全基因组范围内定位转录因子的结合位点或者组蛋白修饰发生的位置。CUT&Tag使用ProteinA-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终实现靶蛋白结合位点的精准定位。相比于ChIP-seq而言， CUT&Tag 的数据信噪比高、所需细胞数少，测序量小并且实验重复性高。 scCUT&Tag，即单细胞CUT&Tag，可以进一步了解，指定的转录因子或者组蛋白修饰，在细胞群体中每一个细胞中的结合位置。 优势一 2021年7月，国内第1篇由服务商提供CUT&Tag服务的文章发表于Genome Biology。截止至2023年8月，嘉因已累计协助客户发表CUT&Tag文章78篇，总影响因子超过600分，包括Nature Genetics, Signal Transduction and Targeted Therapy, Cell Discovery 等顶尖杂志。 优势二 嘉因生物8年来，积累了超过300种的成功实验抗体库，向老师们推荐高成功率的转录因子抗体和组蛋白修饰抗体。CUT&Tag项目进行高标准交付（人的经典DNA结合蛋白，MACS2 Q-value= 0.05下至少500个peak）。 优势三 延续嘉因生物5年来的ATAC-seq的丰富提核经验，针对各种组织器官类型的CUT&Tag项目的提核更得心应手。嘉因已完成1500+例CUT&Tag实验，涉及到的物种和组织器官组合200+。 优势四 生信分析售后团队可以完成各类CUT&Tag定制化分析。 组蛋白乳酸化研究切入点（上）——乳酸化水平检测方法及指标 组蛋白乳酸化研究切入点（中）——乳酸自身的检测方法及指标 组蛋白乳酸化研究切入点（下）-乳酸代谢异常指标的检测方法 Nature Genetics │IF 41.037│嘉因生物CUT&Tag和ATACseq助力核酸甲基化转录调控研究 关于motif和findMotifs文件夹的那些事 嘉因生物CUT&Tag/ATACseq/MeRIPseq Nature Genetics客户文章|seRNA-m6A影响癌基因 The Plant Cell │嘉因生物ATAC-Seq和CUT&Tag助力植物精细胞命运决定调控机制研究 客户文章速递：IF 8.754 l CUT&Tag助力非酒精性脂肪肝研究 IF 18.187|嘉因生物CUT&Tag和RNAseq助力间充质干细胞治疗心肌梗死研究 嘉因客户文章 CUT&Tag专题 ATAC-seq和scATAC-seq专题 Circle-seq（环状DNA）专题 华大C4单细胞RNA-seq 华大空间转录组 表观杂谈 表观分析小技能
2026-03-09
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