lncRNA研究进展盘点丨20240801期

发表期刊：J Exp Clin Cancer Res

影响因子：11.4

发表时间：2024年7月25日

背景：代谢性疾病患病率的不断上升导致非酒精性脂肪性肝炎（NASH）相关肝细胞癌（NASH-HCC）的迅速增加。虽然基于奥沙利铂（OXA）的肝动脉输注化疗（HAIC）在晚期HCC患者中显示出治疗前景，但其在NASH-HCC中的疗效仍不确定。本研究旨在评估基于OXA的HAIC的有效性，并阐明NASH-HCC中OXA耐药的机制。

结果：与非NASH HCC相比，NASH-HCC对基于OXA的HAIC的反应性降低。本研究鉴定并验证了一种新的转录本lnc-OXAR，它在赋予OXA对NASH-HCC的抵抗力方面发挥了至关重要的作用。在NASH-HCC小鼠模型和体外实验中，抑制lnc-OXAR抑制了HCC细胞生长，并恢复了OXA敏感性。机制上，lnc-OXAR募集Ku70和胱抑素A（CSTA），阻止Ku70降解，促进DNA双链断裂（DSB）修复，从而促进NASH-HCC对OXA的耐药性。此外，WTAP介导的m6A修饰以IGF2BP2依赖性方式增强了lnc-OXIAR的稳定性。值得注意的是，沉默lnc-OXAR显著增强了NASH-HCC患者源性异种移植物（PDX）模型对OXA的反应。

结论：NASH-HCC对OXA治疗的反应性降低可归因于lnc-OXAR的上调。本研究结果为HCC患者基因病因进行基于OXA的HAIC分层提供了理论依据。Lnc-OXAR有望作为克服NASH-HCC中OXA耐药性和改善预后的新靶点。

Fig1. lnc-OXAR促进NASH HCC中OXA耐药的潜在机制示意图

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39054531/

发表期刊：Sci Adv

影响因子：11.7

发表时间：2024年7月19日

亨廷顿病中突变的Huntingtin与核酸介导的过程有关，但Huntingtin -核酸直接相互作用的证据有限。本研究展示了野生型和突变型Huntingtin与核酸（主要是RNA）共纯化，并直接与富含G的RNAs相互作用。来自患者来源的成纤维细胞和表达野生型和突变型Huntingtin的神经元祖细胞的Huntingtin RNA免疫沉淀测序显示，长链非编码RNA NEAT1是一种显著富集的转录本。NEAT1水平在亨廷顿病细胞和死后脑组织中明显改变，Huntingtin敲低降低了NEAT1水平。Huntingtin与NEAT1在paraspeckles中共定位，研究人员确定了Huntingtin首选的高亲和力RNA基序。这项研究强调了NEAT1作为一个Huntingtin相互作用因子，证明了Huntingtin参与RNA介导的功能和副斑点调节。

Fig2. Huntingtin与NEAT1在paraspeckles中共定位

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39028820/

发表期刊：EMBO J

影响因子：9.4

发表时间：2024年7月25日

分子生物学的一个基本挑战是理解进化的基因组如何获得新功能。基因组中积极转录的非编码部分为开发新功能序列提供了一个潜在的平台，但它们的生物学和进化作用在很大程度上仍未得到探索。本研究展示了一组中性进化的长链非编码RNAs（lncRNAs），其内含子编码小核仁RNAs（snoRNA宿主基因，SNHGs），在皮肤中高度表达，在炎症条件下失调。以SNHG7和人表皮角质形成细胞为模型，本研究描述了这些lncRNAs可以增加自我更新和抑制分化的机制。SNHG7 lncRNA的活性是最近在灵长类动物谱系中获得的，并且依赖于microRNA结合所需的短序列。综上所述，本研究结果强调了理解快速进化的转录本在正常和病变上皮细胞中的作用的重要性，并展示了保守性教差、转录活跃的非编码序列如何参与基因组功能的进化。

Fig3. 人SNHG7 lncRNA可以影响灵长类动物的细胞命运决定

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39054371/

发表期刊：Cardiovasc Diabetol

影响因子：8.5

发表时间：2024年7月24日

糖尿病（DM）是一种代谢性疾病，会增加许多血管并发症的风险，包括外周动脉疾病（PAD）。各种类型的细胞，包括但不限于内皮细胞（ECs）、血管平滑肌细胞（VSMCs）和巨噬细胞（MΦs），在DM-PAD的发病机制中起着至关重要的作用。长链非编码RNAs（lncRNAs）是一种在细胞功能中起重要作用的表观遗传调节因子，它们在DM中的失调可导致PAD。本文重点综述了lncRNAs的研究进展及其在DM和PAD之间的新作用。回顾了lncRNAs在促进DM-PAD的关键细胞过程中的作用的研究，包括ECs、VSMCs和MΦ中的作用。通过研究这些相关细胞类型中由lncRNA控制的复杂分子景观，研究人员希望揭示lncRNAs在EC功能障碍、炎症反应和导致DM-PAD的血管重塑中的作用。此外，本文还概述了从鉴定与疾病相关的lncRNA到在DM-PAD的背景下表征其分子和细胞功能的研究方法。研究人员还讨论了利用lncRNAs治疗DM-PAD的潜力。总的来说，本综述总结了lncRNA调节的细胞功能对DM-PAD的贡献，并强调了利用lncRNA生物学来解决这种日益普遍和复杂的疾病的转化潜力。

Fig4. lncRNAs在糖尿病相关外周动脉疾病中的作用模型

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39049097/

发表期刊：Clin Transl Med

影响因子：7.9

发表时间：2024年7月22日

N-甲基腺苷（m6A）代表在结直肠癌中观察到的一种普遍的RNA修饰。尽管m6A甲基化十分丰富，但在结直肠癌中，m6A甲基化对lncRNA CARMN的生物学意义仍然不清楚，尤其是对于突变体p53功能获得。本研究阐明了CARMN在具有突变p53的结直肠癌患者中表现出表达水平降低，这归因于其丰富的m6A甲基化，在体外和体内促进癌症增殖、侵袭和转移。进一步的研究表明，ALKBH5作为CARMN的直接去甲基化酶，靶向477个甲基化位点，从而保留CARMN的表达。然而，突变型p53与ALKBH5启动子的相互作用阻碍了其转录，从而增强了CARMN上的m6A甲基化水平。随后，YTHDF2/YTHDF3识别并降解m6A修饰的CARMN。同时，过表达CARMN在体外和体内均显著抑制了结直肠癌的进展。此外，miR-5683被鉴定为lncRNA CARMN的直接下游靶点，通过协同下调FGF2表达发挥抗肿瘤作用。本研究结果揭示了CARMN在突变p53结直肠癌中的调控因子和功能机制，为基于去甲基化的癌症诊断和治疗策略提供了可能。CARMN的m6A甲基化是突变型p53功能获得诱导的结直肠癌恶性进展的主要因素，为癌症治疗提供了一种有前途的方法。

Fig5. 研究模型示意图

原文链接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39039912/