无代码探索10X新品Visium HD

空间组学是继单细胞测序技术之后的另一个生物技术研究热点，它能够弥补单细胞测序技术无法获取细胞空间分布信息的缺陷。它曾多次被Nature Methods评为年度技术方法；主要研究细胞在组织样品中的相对位置关系，用于揭示细胞空间分布关系对疾病的影响，目前主要的空间组学技术有空间转录组、空间蛋白组、空间代谢组等。

距离10X Genomics推出最新的空间转录组学产品 Visium HD 已经有一段时间，今天，我们就来看下，基于10X Genomics已发布的DEMO数据，在无代码背景的情况下，我们可以进行怎样的探索。

目前，10X Genomics已发布数据的样本类型如下：

以上数据均可点击链接查看。

针对每一套数据，点击链接后，在「Dataset overview」界面可以查看该数据的Biomaterials，Sample preparation，Imaging，Assay workflow，Sequencing信息，「Output and supplemental files」，「Input files」分别包含经Space Ranger处理后的结果和原始数据。

对每套数据，点击「View summary」可查看本套数据质控相关信息，例如小鼠小肠的summary表明，这个样本共测到351817个8um的bin，每个8um的bin测到的平均reads数是922.7。

此外，Loupe Browser是探索这些HD数据另一重要的工具。点击「Explore data」即可下载Loupe Browser以及可导入Loupe Browser的cloupe文件。利用Loupe Browser打开cloupe文件后，即可看到以下界面。

点击选项卡「Clusters」，可在切片上查看分群的结果，在Graph-Based下选择感兴趣的群，可仅查看自己感兴趣的群在切片上的分布。

点击选项卡「Features」，在检索框输入基因名，可查看基因的表达，如下图在切片上查看Lyz1基因的表达，颜色越偏红，该基因的表达量越高，并且通过鼠标可对该图片进行缩放。

以上，就是对HD数据探索的简单介绍，当然基于Loupe Browser，除了查看分群和基因表达，还可以进行差异基因的计算、特定区域圈选等功能，小编在这里仅进行一个简单的介绍，更多功能，各位老师和同学可以下载cloupe文件和Loupe Browser软件进行探索。