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上新 | 高效捕获,精准检测!单细胞5’RNA&V(D)J文库制备试剂全方面赋能生命科学实验室

2024/09/13
高通 华大智造 V(D)J文库

2024年9月11日,在华大智造主办的Future of Omics大会上,华大智造发布了DNBelab C系列的新产品——高通量单细胞5’RNA&V(D)J文库制备试剂盒套装。这款产品专为肿瘤、疾病研究、类器官等免疫组学研究设计,同时适用于细胞治疗、疫苗评估、药物开发等领域。


作为DNBelab C系列中的第三款文库制备试剂盒,它与已发布的单细胞3’RNA和单细胞ATAC文库制备试剂盒一起,进一步完善了华大智造单细胞转录组和表观组研究的产品线,使之成为全球唯四同时拥有单细胞3’RNA、5’RNA、ATAC三大应用技术产品布局的企业,为全球生命科学实验室提供了更全面、完整的单细胞多组学研究方案。


倪鸣博士在FO大会上介绍单细胞5’RNA&V(D)J产品



产品介绍


本次上新的DNBelab C系列高通量单细胞5’RNA&V(D)J文库制备试剂盒套装,兼容人和鼠两个物种,包含4反应和16反应两个包装规格,可以使用DNBelab C-TaiM 4单细胞液滴生成仪完成细胞的分离和标签步骤,进而完成从细胞悬液到5’RNA和TCR、BCR文库的制备过程,配套DNBelab C系列分析包DNBC4Tools,可以实现数据的质控和基础分析。



产品优势


基因检出灵敏,中值基因检出>2,000(PBMC样本);

捕获效率高,大于50%;

细胞识别精确,液滴多胞微珠可区分;

液滴污染率低,细胞多胞率每1,000个细胞小于0.4%;

投入细胞梯度范围广,5,000~30,000;

兼容细胞尺寸大,液滴尺寸大,可兼容较大直径细胞,直径<60μm;

克隆性检出能力强,TRA/TRB配对率>65%(PBMC样本)。


DNBelab C系列高通量单细胞5’RNA&V(D)J文库制备试剂盒套装组成及DNBelab C-TaiM 4仪器。其中根据试剂盒的功能和存储温度,试剂盒套装分为7个子盒,子盒1是液滴生成模块(2 ℃~ 8 ℃),子盒2是液滴生成模块(-25 ℃~ -15 ℃) ,子盒3是文库制备试剂盒(-25 ℃ to -15 ℃),子盒4是TCR文库扩增试剂盒(-25 ℃ to -15 ℃),子盒5是BCR文库扩增试剂盒(-25 ℃ to -15 ℃),子盒6是样本标签试剂盒((-25 ℃ to -15 ℃),子盒7是载片(10℃ to -30 ℃)。



华大智造单细胞5’RNA&V(D)J

文库制备技术原理


通过对微珠表面进行修饰连接Cell Barcode引物,对每个细胞释放的mRNA进行唯一的标签标记,并在该段引物的尾部设计3个rG碱基,用于杂交游离PolyT所捕获的mRNA,并进行液滴内的逆转录,随后在逆转录酶和TSO序列的作用下,mRNA的5’端合成3个C碱基,和磁珠上的引物尾部设计的序列碱基rG进行杂交捕获,完成每条mRNA的5’端序列捕获,之后进行mRNA的全长序列扩增,产物分成3份,分别进行5’RNA的片段化、加接头等文库制备过程、TCR或BCR的巢式PCR扩增及其他文库制备过程。

DNBelab C系列 单细胞5’RNA&V(D)J文库制备原理



实测数据


试剂盒完美适配DNBSEQ平台,利用DNBelab C系列高通量单细胞5’RNA&V(D)J文库制备试剂盒套装以及DNBelab C-TaiM 4单细胞液滴生成仪完成文库制备过程,使用DNBSEQ-T7测序仪进行测序,使用DNBC4Tools分析工具进行测序数据的处理,试剂盒的性能表现优异。


DNBelab C系列 单细胞5’RNA&V(D)J性能表现


✔ 平台稳定性强

使用试剂盒5’RNA&V(D)J(人)对人的冻存PBMC样本进行重复试验测试,投入细胞的数量均为10,000,结果显示两平行样本(PBMC1以及PBMC2)的细胞捕获数量分别为8,911和8,621,基因中位数分别为2,223和2,384,最终的细胞注释类型和细胞组成比例高度一致,说明此试剂盒平行样本之间的表现稳定且一致。

人PBMC样本的单细胞5’RNA&V(D)J重复试验表现


✔ 克隆型检测能力强

使用小鼠的脾脏样本对5’RNA&V(D)J试剂盒进行性能测试,投入细胞数量为20,000,捕获细胞数量是10,396,其中比对到TCR细胞类型的个数是922个,V-J配对比例达到69.63%,比对到BCR细胞类型的数量是4,987个,V-J配对比例达到78.08%,5’RNA报告显示基因中位数为1,610,具有良好的克隆型检测能力。

小鼠脾脏样本的单细胞5’RNA&V(D)J数据表现



总结


最后,华大智造高级副总裁倪鸣博士表示,“在单细胞领域,华大智造发布的多款DNBelab C系列单细胞产品,收获了众多企业和科研用户的好评,在过去的一年时间里,华大智造在中国区完成了30多家企业的单细胞产品服务商认证,以及在海外市场的欧非区和亚太区进行了迅速布局。


本次单细胞5’RNA&V(D)J产品的推出,结合华大智造近期发布的MGIDS-1000多功能液滴分选一体机,贯通了从液滴生成、细胞分选到测序的全流程,可以实现高通量的抗体发现、单B细胞分析及CAR-T筛选,标志着华大智造在免疫学领域的应用上的又一突破,为抗体药物开发和个性化细胞治疗提供了新的工具和整体解决方案。此外,在科研产出上,基于华大智造单细胞平台,已累计产出论文100篇,其中包括3篇Nature,2篇Cell主刊论文,另外有20多篇论文发表在CNS子刊,充分证明了该单细胞平台性能的优越性。”

华大智造高级副总裁倪鸣博士


未来,华大智造将进一步深耕单细胞组学领域,发挥自身在基因测序领域、实验室自动化领域的组合优势,为规模化的科学研究,为单细胞组学全面进入临床及精准健康研究,提供更为优质、标准的产品组合,赋能单细胞多组学研究开启标准化、规模化时代!


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