然而， 现有的药物发现策略主要面临两大挑战：一是它们主要集中于分析差异表达的基因或蛋白，忽略了基因-基因功能网络的关联；二是药物的治疗效果与其逆转疾病模型能力之间的复杂联系尚未充分阐释。 GSFM模型通过有效地将冗余不可靠的基因表达数据转换为更可信的功能模块活性矩阵，在稳健性和准确性方面明显优于其他方法，同时RSGSFM与药物疗效呈显著相关，表明RSGSFM可以作为药物疗效的代表性指标。 此外，为了探究算法的准确性，研究人员开展了案例研究，针对乳腺癌、肺腺癌和去势抵抗性前列腺癌，采用GSFM模型开展药物识别，成功识别出了相应的候选药物分别为WYE-354、perhexiline和 NTNCB。
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