重分析10X HD已发表数据带来的启示

空间组学是继单细胞测序技术之后的另一个生物技术研究热点，它能够弥补单细胞测序技术无法获取细胞空间分布信息的缺陷。它曾多次被Nature Methods评为年度技术方法。

图1

2024年上半年，10X Genomics推出了最新的空间转录组产品——Visium HD芯片。随后，他们在预印本上发表了一篇名为《Characterization of immune cell populations in the tumor microenvironment of colorectal cancer using high definition spatial profiling》的文章。文章中，研究人员对5例结直肠癌患者的FFPE组织进行了分析，利用Visium HD技术深入探索肿瘤微环境（TME），并结合单细胞RNA-seq和Xenium原位基因表达技术，全面描绘了TME中的免疫细胞类型。

表1 样本信息

文章发表后，吉凯的各位生信同事对该文章HD的分析部分产生了极大兴趣，在第一时间完成了数据下载，并从多种角度进行探索。接下来，我们就来简单看下吉凯分析的结果。

为了对这些样本实现更好的细胞类型注释，并且在切片上进行可视化，文献中，10X的研究人员同时采用了Visium HD测序和单细胞转录组测序，并以单细胞转录组作为细胞类型注释的参考。

下图中，左图是吉凯完成单细胞转录组数据下载后，重新分群注释的结果，右图是10X研究人员注释分群的结果，对比发现，两者注释到的细胞类型几乎完全一致。

图2（a:吉凯对10X已发表的单测数据重分析、注释的结果;  b:10X文献中展示的单测注释结果）

接下来，吉凯分别以吉凯注释的结果、10X研究人员注释的结果对HD的数据进行解卷积（图3a和图3b），对比发现，两种解卷积得到的细胞类型分布在切片上也几乎完全一致。

图3（a:基于图2a吉凯注释解卷积的结果; b:基于图2b 10X文章注释解卷积的结果）

最后，参考文献level2的注释标签，吉凯自行进行的解卷积结果（图4a）和文章展示的注释的结果（图4b）也表现出了极高的一致性，如下图。

图4（a:吉凯解卷积的结果; b:10X文章展示的解卷积结果）

总之，从多个角度进行比较，我们发现吉凯分析出的结果与文章中展示的结果高度相似。此外，我们还对基于marker注释与参考单细胞解卷积注释的异同、多个样本联合分析与单个样本分析的差异等问题进行了探讨。如果老师感兴趣，想了解更多信息，欢迎随时联系我们的销售或科研顾问。