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我有靶基因，想找调控它的上游转录因子！（上篇）——KnockTF 2.0转录因子敲除Differential RNAseq数据库

表观遗传上海嘉因

2024/09/26

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转录因子

KnockTF 2.0的前世今生

2019年末，李春权教授团队在Nucleic Acids Research杂志发表学术论文“KnockTF：a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors”，KnockTF 1.0数据库首次呈现。KnockTF 1.0数据库是一个全面的人类转录因子（Transcription factor，TF）敲降/敲除的基因表达谱数据库，提供了与转录因子敲降/敲除相关的人类基因表达谱数据集、转录因子及其靶基因的注释信息、转录因子的上游通路信息和下游靶基因的功能注释信息，以及转录因子绑定到靶基因启动子、增强子和超级增强子的详细绑定信息。同时，KnockTF 1.0构建了转录因子差异表达基因网络，可在线进行可视化网络分析。

2024年初，李春权教授团队再次在Nucleic Acids Research杂志发表学术论文“KnockTF 2.0: a comprehensive gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription (co-)factors in multiple species”，KnockTF 2.0横空出世（http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html）。

KnockTF 2.0概览

KnockTF 2.0 V.S. KnockTF 1.0

时隔4年，KnockTF 2.0数据库带给我们怎样的惊喜呢？相比于KnockTF 1.0，KnockTF 2.0在以下3个方面的改进：

在现有人类数据集外，新增了小鼠、拟南芥和玉米的转录因子及转录辅助因子（Transcription co-factors , TcoFs）敲除/敲除数据集，并扩大了在人类中数据集的规模。KnockTF 2.0拥有1468个人工核对的RNA-seq和microarray数据集，这些数据集与612个TFs和172个TcoFs的敲降/敲除相关，是KnockTF 1.0的2.5倍。
在人类和小鼠的T（co）F靶基因中新添加表观遗传/遗传注释（epigenetic/genetic annotations），例如超级增强子、常见SNPs、甲基化位点和染色质相互作用等。
新嵌入和更新的搜索和分析工具，包括T（co）F富集（GSEA）、途径下游分析和靶基因搜索（BLAST）。

KnockTF 2.0与KnockTF 1.0比较

KnockTF 2.0数据库的内容与结构

KnockTF 2.0在人类、小鼠、拟南芥和玉米中提供了大量人工核对的T（co）F敲除/敲除数据集。可以收集TF靶基因的详细和丰富的表观遗传及遗传注释信息，包括超级增强子、增强子、TF结合位点、常见SNP、风险SNP、连锁不平衡（LD）SNP、eQTL、甲基化位点、DNase I超敏位点（DHS）、染色质相互作用、染色体可及性区域、CRISPR/Cas9靶位点和拓扑相关结构域（TAD）等。这些注释可加深对T（co）Fs与其靶基因结合的多维调控机制的理解。

同时，KnockTF 2.0包含各种浏览、搜索、分析和下载T（co）F敲除/敲除数据集的功能