2025年1月8日，清华大学智能产业研究院（AIR）兰艳艳教授与哥伦比亚大学、卡内基梅隆大学合作的论文“A foundation model of transcription across human cell types”在Nature正式发表。 该工作起源于2021年由创新工场和AIR共同举办的DeeCamp2021人工智能训练营，兰艳艳教授指导GeneBert团队（组长莫申童是美国卡内基梅隆大学计算机专业硕士，组员包括美国哥伦比亚大学生物信息学博士傅熙、香港中文大学计算机专业博士洪晨洋和陈以真、华东师范大学计算机专业硕士郑雨轩）开发了泛化性能好、可迁移的多模态深度预训练模型，扩大建模范围至功能性非编码区，融入多种非编码调控区域之间的交互作用，实现了非编码区域基因突变预测的良好效果，最终获得大赛“双冠王”。 根据染色体可及性（chromatin accessibility）参与转录调控的生物学知识， 团队设计了能够尽量压缩有效信息且保持可解释性的转录调控元件，并得以通过大量细胞特异的ATAC-seq数据获取数百倍于单个基因组的数据。
2025-11-30
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