近日,由中国科学院过程工程研究所、上海大学和上海交通大学研究人员共同开展的研究成果,发表于国际学术期刊《Cell Reports Methods》,团队共同开发了一种适用于空间转录组数据的Transformer模型。 与单细胞基础模型相比,该模型提升了细胞层面和基因层面的分析能力,并可开展计算扰动,以研究空间配体信号的响应。 这一模型利用交叉注意力机制来整合空间配体基因信号,研究人员还推导出一种偏置交叉注意力公式,以统一不同分辨率和基因覆盖范围的空间转录组平台。
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