药物研发需要反复设计、合成和测试分子，实验前的活性预测可以帮助研究人员优先考察更有希望的候选。 自由能微扰（FEP）等结合自由能计算方法，常用于精细比较同一系列中结构相近分子与靶标的结合强弱，但计算投入较大。 早期筛选还需要从较多候选中确定优先顺序，为后续实验和精细计算选择重点。
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