在临床科研与国自然基金申请的竞争中，样本资源的独特性往往决定了研究的上限。长期以来，单细胞测序高度依赖新鲜组织，这让拥有海量临床病理档案（FFPE样本）的医生和研究者望而却步，也错失了大量珍贵的长病程、回顾性研究机会。

FFPE样本作为临床病理诊断的“金标准”，不仅保存了完整的病理结构，更蕴含着千万级的真实世界临床数据。 随着技术的突破，解锁这巨大的“生物宝藏”已成为临床高分文章的新爆发点，也是我们“备战2026国自然直播”将要重点拆解的核心策略之一。

FFPE单细胞测序技术已突破壁垒，它能够进行：

表1 FFPE样本与新鲜、冷冻样本在临场研究中的区别

对肺癌患者的同一来源的新鲜、冷冻和FFPE癌组织进行单细胞测序。

图1 肺癌的研究[1]

7例FFPE样本被用于分析6种不同病理亚型的转录特征，不仅构建了更全面的跨亚型细胞图谱，还在每个亚型中识别出具特征性转录谱的细胞亚群，揭示出四类恶性细胞状态（OPC-like、AC-like、MES-like、NPC-like）；这四类恶性细胞状态可进一步细分为多个表达特征不同的亚群，提示每类恶性细胞状态内部具有丰富的转录差异。

[1] Alexandra T, et al. Robust detection of clinically relevant features in single-cell RNA profiles of patient-matched fresh and formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) lung cancer tissue[J]. bioRxiv. 2023.04.25.538273

[2] Xu Z, Chen L, Lin X, et al. Single Nucleus Total RNA Sequencing of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Gliomas. Small Methods. 8,10 (2024): e2301801.

[3] Sun X, Teng X, Liu C, et al. A Pathologically Friendly Strategy for Determining the Organ-specific Spatial Tumor Microenvironment Topology in Lung Adenocarcinoma Through the Integration of snRandom-seq and Imaging Mass Cytometry. Advanced Science. 11, 26 (2024): e2308892.

[4]Jiang W, Zhang X, Xu Z, et al. High-Throughput Single-Nucleus RNA Profiling of Minimal Puncture FFPE Samples Reveals Spatiotemporal Heterogeneity of Cancer. Advanced Science. 12,4 (2025): e2410713.

[5]Amanda J, et al. High resolution mapping of the tumor microenvironment using integrated single-cell, spatial and in situ analysis[J]. Nature communications. 2023;14(1):8353.